Bioinformatika

Bioinformatika jika diartikan secara bahasa terdiri dari 2 kata, yakni Bio yang berarti makhluk hidup, dan Informasi, berarti informasi mengenai makhluk hidup. Namun dalam arti secara ilmu komputer, Bioinformatika adalah disiplin ilmu yang merupakan perpaduan dari (i) ilmu biologi molekuler, (ii) ilmu komputasional seperti matematika, statistika dan ilmu komputer, dan (iii) teknologi informasi yang bertujuan untuk memecahkan problema yang terdapat di biologi molekuler. Tujuan utama bidang ini adalah untuk memungkinkan penemuan wawasan biologi baru serta untuk menciptakan perspektif global dimana prinsip-prinsip pemersatu dalam biologi dapat dilihat.Pada awal "revolusi genom", yang menjadi perhatian dalam bioinformatika adalah penciptaan dan pemeliharaan database untuk menyimpan informasi biologis, seperti sekuens asam amino dan nukleotida.

Pada akhirnya, bagaimanapun, semua informasi ini harus digabungkan untuk membentuk gambaran yang komprehensif tentang kegiatan selular normal sehingga para peneliti dapat mempelajari bagaimana kegiatan ini diubah dalam kondisi penyakit yang berbeda. Oleh karena itu, bidang bioinformatika telah berkembang sedemikian rupa sehingga tugas yang paling mendesak sekarang melibatkan analisis dan interpretasi dari berbagai jenis data, termasuk sekuens asam nukleotida dan amino, domain protein, dan struktur protein. Proses sebenarnya menganalisis dan menafsirkan data disebut komputasi biologi.

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis

Bioinformatika merupakan disiplin ilmu yang penting karena Meskipun penyakit manusia tidak dapat ditemukan dalam bentuk yang sama persis pada hewan, mungkin ada data yang cukup untuk model binatang yang memungkinkan peneliti untuk membuat kesimpulan tentang proses pada manusia. Hal itulah yang menyebabkan mengapa bioinformatika menjadi penting.

Di Indonesia Bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Di kalangan peneliti sendiri, mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-perangkat Bioinformatika untuk analisa data. Sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian.

Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia. Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati (http://www.sith.itb.ac.id) ITB menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika" untuk program Sarjana dan mata kuliah "Bioinformatika" untuk program Pascasarjana. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika". Mata kuliah "Bioinformatika" diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah "Proteomik dan Bioinformatika" termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB.

Sumber :

http://witarto.wordpress.com/2008/01/16/bioinformatika-mengawinkan-teknologi-informasi-dengan-bioteknologi-trendnya-di-dunia-dan-prospeknya-di-indonesia/

https://sites.google.com/a/bioinformatika.org/www/Beranda

http://ceritakulo.blogspot.com/2011/04/apa-itu-bio-informatika.html                               

KOMPUTASI PARALEL PROCESSING

Komputasi Paralel Processing adalah proses atau pekerjaan komputasi di komputer dengan memakai suatu bahasa pemrograman yang dijalankan secara paralel pada saat bersamaan. Secara umum komputasi paralel diperlukan untuk meningkatkan kecepatan komputasi bila dibandingkan dengan pemakaian komputasi pada komputer tunggal. Penggunaan komputasi parallel prosessing merupakan pilihan yang cukup handal untuk saat ini untuk pengolahan data yang besar dan banyak. Parallel komputasi melakukan perhitungan komputasi dengan menggunakan 2 atau lebih CPU/Processor dalam suatu komputer yang sama atau komputer yang berbeda dimana dalam hal ini setiap instruksi dibagi kedalam beberapa instruksi kemudian dikirim ke processor yang terlibat komputasi dan dilakukan secara bersamaan.

A.    Penerapan Paralel Processing dan Paralel Komputing

Daftar semi-tahunan organisasi TOP500, yang mencantumkan 500 komputer tercepat di dunia umumnya mencakup banyak kluster. TOP500 adalah sebuah kolaborasi antara Universitas Mannheim, Universitas Tennessee, dan National Energy Research Scientific Computing Center di Lawrence Berkeley National Laboratory. Hingga 18 Juni 2008, super komputer tercepat yang tercatat di dalam TOP500 adalah sistem Roadrunner yang dimiliki oleh Department of Energy Amerika Serikat, yang kinerjanya mencapai 1026 TeraFlops (Triliun Floating Point Operation per Second) dalam benchmark High-Performance LINPACK.

Computer yang mempunyai satu CPU saja bisa melakukan parallel processing dengan cara satu CPU tersebut dihubungkan ke komputer lainnya dengan menggunakan jaringan sehingga parallel processing pun bisa dilakukan dengan menggunakan software distributed processing software.

Sebagai contoh, aplikasi High Performance Computing (HPC) menggunakan parallel processing untuk Computational Fluid Dynamics (CFD). Computational Fluid Dynamics (CFD) adalah metode komputasi yang digunakan untuk memperkirakan apa yang akan terjadi secara kuantitatif pada saat fluida mengalir dan efeknya terhadap lingkungan. CFD melakukan prediksi menggunakan metode komputasi untuk memecahkan persamaan matematis, dengan memperhitungkan kondisi-kondisi dari permasalahan.

B.     Kinerja Paralel Processing dan Paralel Komputing

Kinerja Parallel komputasi digunakan untuk melakukan perhitungan komputasi dengan menggunakan 2 atau lebih CPU/Processor dalam suatu komputer yang sama atau komputer yang berbeda dimana dalam hal ini setiap instruksi dibagi kedalam beberapa instruksi kemudian dikirim ke processor yang terlibat komputasi dan dilakukan secara bersamaan. Untuk proses pembagian proses komputasi tersebut dilakukan oleh suatu software yang betugas untuk mengatur komputasi. Terdapat dua jenis kinerja parallel processing yaitu Multi-core dan PC Clustering.

Multi-core adalah memperbanyak inti prmrosesan sehingga diharapkan knerja komputasi meningkat dikarenakan pemrosesan secara parallel. Awalnya Multi Core diawali oleh system Multi Prosessor. System ini membutuhkan sumberdaya untu masing-masing prosesnya, sedangkan untuk interkoneksinya dibutuhkan sebuah bus berkecepatan tinggi. Untuk membuat system multi prosessor dibutuhkan biaya serta algoritma tersendiri untuk mengendalikan dan memproses input, untuk mereduksi harga dibuatlah system multi Core yang dapat mengetengahkan masalah antara biaya dan kecepatan komputasi.

PC-Clustering adalah pengelompokan beberapa buah PC menjadi satu kesatuan dan mampu memproses dengan interkoneksi jaringan baik itu local maupun internet. Secara umum PC clustering dibagi menjadi tiga kategori yaitu :

1.        High-availability cluster.

2.        Load-balancing cluster, kategori satu dan dua digunakan untuk server-server yang membutuhkan komputasi tinggi serta ketersediaan system. Tujuan dari PC Clustering jenis ini adalah menjaga service agar tetap sedia sepanjang waktu, seperti Web Searching Google.

3.        Grid-Computing, Grid-computing lebih mendekati system parallel computing yang sebenarnya, karena menggunakan system penugasan. Contoh Grid Computing terbesar adalah FOLDING@HOME untuk kalkulasi untaian DNA untuk mencari obat dari penyakit kronis seperti Alzheimer dan Kanker.

C.    Manfaat Penerapan Paralel Processing dan Paralel Komputing

Penerapan paralel processing dan paralel komputing memiliki banyak manfaat dalam berbagai kegiatan yang dilakukan menggunakan komputer. Berikut ini merupakan manfaat yang dimiliki oleh paralel processing dan paralel komputing:

Ø  Melakukan beberapa proses komputasi secara bersamaan.

Ø  Mempercepat kinerja komputer

Ø  Menghemat waktu.

Ø  Kinerja komputer tidak berat

Rujukan:

http://pantaihujankereta.blogspot.com/kinerja-komutasi-dengan-parallel-processing/

http://nindyastuti52.wordpress.com/kinerja-komutasi-dengan-parallel-processing/

http://selviaarista.blogspot.com/kinerja-komputasi-dengan-parallel-processing/

http://indahnurpermatasari.blogspot.com/2012/04/komputasi-paralel-processing.html

Komputasi Pada Website Perusahaan Garuda Indonesia

Penerapan komputasi modern pada website perusahaan garuda Indonesia.

Pada website garuda indonesia yang termasuk komputasi modern terdapat pada layanan pemesanan tiket online yang dimana user/pelanggan dapat memesan tiket secara virtual/online tanpa harus datang langsung ke loket penjualan tiketnya. Sistem ini merupakan gambaran dari penerapan konsep kepintaran komputasi modern yang proses kerjanya di gerakkan oleh komputer. website ini dapat diakses dengan mengetikan url garuda-indonesia.com

Pada gambar dibawah merupakan langkah awal dalam pemesanan tiket online pesawat yang dimana user/pemesan tiket dapat mengisikan tanggal perjalanan, bandara awal dan bandara tujuan, mengisi berapa banyak tiket yang akan dipesan dan juga kelas pesawat yang akan dipilih.

         Dan berikutnya user akan dialihkan pada halaman web baru berupa tinjauan detail penerbangan. Hal ini memungkinkan pemesan memeriksa kebenaran data yang telah diinput sebelumnya.

Website ini sudah dapat memenuhi kebutuhan pemesan karena fitur-fitur yang ada pada website ini telah lengkap. Begitu juga dengan perihal pembayaran tiket yang sudah mudah. Design pada website ini juga tidak terlalu rumit, sehingga para pemesan dapat mengakses pemesanan tiket, informasi dan perihal lainnya dengan mudah dan cepat.

sumber:
http://gina-itsme.blogspot.com/2013/04/komputasi-modern.html

http://nalfiyani.blogspot.com/

Komputasi

Pengertian Komputasi

Komputasi diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Pada zaman sekarang ini, kebanyakan komputasi telah dilakukan dengan menggunakan komputer.

Secara umum ilmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika dan teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu (sains). Dalam penggunaan praktis, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bentuk komputasi lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah dalam berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar dalam ilmu.

Pengertian Komputasi Modern

Komputasi modern terdiri dari dua kata yaitu komputasi dan modern untuk Komputasi dapat diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Dan disebut modern karena menggunakan alat canggih saat menyelesaian masalah. Maka dapat di simpulkan Komputasi modern adalah perhitungan yang menggunakan computer canggih dimana pada computer tersebut tersimpan sejumlah algoritma untuk menyelesaikan masalah perhitungan secara efektif dan efisien.

Sejarah Komputasi Modern

Sejarah komputer modern dimulai dengan dua teknologi yang terpisah- perhitungan otomatis dan dapat di program-tapi tidak ada satu perangkat pun yang dapat dikatakan sebagai komputer, karena sebagian penerapan yang tidak konsisten istilah tersebut. Contoh-contoh awal perangkat penghitung mekanis termasuk sempoa (yang berasal dari sekitar 150-100 SM).  Seorang pahlawan dari Alexandria (sekitar 10-70 AD) membangun sebuah teater mekanis yang diadakan bermain berlangsung 10 menit dan dioperasikan oleh sebuah sistem yang kompleks dengan tali dan drum yang dipakai sebagai sarana untuk memutuskan bagian dari mekanisme. Ini adalah inti dari programmability.

Salah satu tokoh yang sangat mempengaruhi perkembangan komputasi modern adalah John von Neumann (1903-1957), Beliau adalah ilmuan yang meletakkan dasar-dasar komputer modern.Von Neumann telah menjadi ilmuwan besar abad 21. Von Neumann memberikan berbagai sumbangsih dalam bidang matematika, teori kuantum, game theory, fisika nuklir, dan ilmu komputer  yang di salurkan melalui karya-karyanya . Beliau juga merupakan salah satu ilmuwan yang terkait dalam pembuatan bom atom di Los Alamos pada Perang Dunia II lalu.

Von Neumann belajar berbagai tempat dan beberapa tempatnya di Berlin dan Zurich. Di tempat itu beliau mendapatkan diploma pada bidang teknik kimia pada tahun 1926. Pada tahun yang sama dia mendapatkan gelar doktor pada bidang matematika dari Universitas Budapest. Keahlian Von Neumann terletak pada bidang teori game yang melahirkan konsep seluler automata, teknologi bom atom, dan komputasi modern yang kemudian melahirkan komputer. Kegeniusannya dalam bidang matematika telah terlihat semenjak kecil dengan mampu melakukan pembagian bilangan delapan digit (angka) di dalam kepalanya.

Von Neumann sangat tertarik pada hidrodinamika dan kesulitan penyelesaian persamaan diferensial parsial nonlinier yang digunakan, Von Neumann kemudian beralih dalam bidang komputasi. Von Neumann menjadi seorang konsultan pada pengembangan komputer ENIAC, dia merancang konsep arsitektur komputer yang masih dipakai sampai sekarang. Arsitektur Von Nuemann adalah seperangkat komputer dengan program yang tersimpan (program dan data disimpan pada memori) dengan pengendali pusat, I/O, dan memori.

D. Jenis-jenis Komputasi Modern

Mobile Computing

Mobile computing atau komputasi bergerak memiliki beberapa penjelasan, salah satunya komputasi bergerak merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel dan mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel. Contoh dari perangkat komputasi bergerak seperti GPS, juga tipe dari komputasi bergerak seperti smart phone, dan lain sebagainya.

Grid Computing

Komputasi grid menggunakan komputer yang terpisah oleh geografis, didistibusikan dan terhubung oleh jaringan untuk menyelasaikan masalah komputasi skala besar. Ada beberapa daftar yang dapat dugunakan untuk mengenali sistem komputasi grid, adalah :

·         Sistem untuk koordinat sumber daya komputasi tidak dibawah kendali pusat. 

·         Sistem menggunakan standard dan protocol yang terbuka. 

·         Sistem mencoba mencapai kualitas pelayanan yang canggih, yang lebih baik diatas kualitas komponen individu pelayanan komputasi grid.

Cloud Computing

Komputasi cloud merupakan gaya komputasi yang terukur dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet. Komputasi cloud menggambarkan pelengkap baru, konsumsi dan layanan IT berbasis model dalam internet, dan biasanya melibatkan ketentuan dari keterukuran dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.

Adapun perbedaan antara komputasi mobile, komputasi grid dan komputasi cloud, dapat dilihat penjelasannya dibawah ini :

·         Komputasi mobile menggunakan teknologi komputer yang bekerja seperti handphone, sedangkan komputasi grid dan cloud menggunakan komputer.

·         Biaya untuk tenaga komputasi mobile lebih mahal dibandingkan dengan komputasi grid dan cloud. 

·         Komputasi mobile tidak membutuhkan tempat dan mudah dibawa kemana-mana, sedangkan grid dan cloud membutuhkan tempat yang khusus.

·         Untuk komputasi mobile proses tergantung si pengguna, komputasi grid proses tergantung pengguna mendapatkan server atau tidak, dan komputasi cloud prosesnya membutuhkan jaringan internet sebagai penghubungnya.

REFERENSI :

·         http://id.wikipedia.org/wiki/Teknologi_komputasi

·         http://safemode.web.id/artikel/teknologi/perkembangan-komputasi-modern

·         http://www.beritanet.com/Education/John-Von-Neumann.html

·         http://tantyniieezz.wordpress.com/2011/02/23/pengantar-komputasi-modern/

·         http://my.opera.com/aviciena/blog/show.dml/8170711

• http://dmaz091292.blogspot.com/